メレンゲの気泡の偏りが原因と考えられます。卵白が均一に泡立っておらず、同じ場所ばかり泡立ててしまったり、部分的に泡立てが足りなかったりすると、底に部分的な小さいへこみができることがあります。全体としては強そうに見えるメレンゲでも、気泡に偏りがあると失敗につながるので注意が必要です。
ハンドミキサーは全体に行き渡るように動かし、ボウルを回転させながら均一に泡立ててください。それでもへこみがなくならない場合は、オーブン側を見直します。温度が高くなりすぎていないか、庫内が小さくて熱回りが悪くなっていないか、チェックしてみてください。