メレンゲの強さが足りないことが原因と考えられます。メレンゲの強度が不足すると、底上げの状態で大きな空洞ができてしまうことがあります。
見分けの目安があります。泡立てたメレンゲの角は立っているのに、先が半分くらいお辞儀をしている——この状態は、まだ強さが足りないメレンゲです。このまま焼くと、膨らみは大きいのに表面が爆発したようになり、冷ますと表面がデコボコになって、底にドーナツ状の空洞が残る、という経過をたどりがちです。
卵白を泡立てるとき、砂糖を加えてからしっかりと泡立てると、メレンゲに強度と伸びが出てきます。砂糖を加える分量とタイミングを見直してみてください。