メレンゲと卵黄生地の混ざり具合が足りていない可能性があります。ふたつの生地がよく馴染み、全体に艶が出た状態になると、穴はすぐに減っていきます。まずは最終生地を混ぜる回数を、いつもより10回程度増やしてみてください。混ぜ方に慣れてくると馴染みが早くなるので、様子を見ながら、混ぜる回数を少しずつ適正に戻していきます。
混ぜても穴が消えないときは、メレンゲが硬すぎないかも確認してください。硬すぎると馴染みが悪く、混ぜる回数が増えて気泡がつぶれる悪循環になります。メレンゲはほどよい柔らかさが必要です。5〜6回作るとコツがつかめてくるので、一回ごとの変化を見ながら試してみてください。